A trama gira em torno de Maya, filha do antigo diretor da Academia Waldstein, e do agente viajante Fumiaki Uchida.
Em 2012, o planeta foi invadido por alienígenas e os viajantes do tempo foram enviados de volta a 1999 para localizar e destruir a Nostradamus Key, que a profecia de Nostradamus prevê como o catalisador do apocalipse.
A série então se desloca para 1999, onde Maya retorna à academia com a intenção de destruí‑la, assumindo o cargo deixado pelo pai falecido como diretor. Seu plano é interrompido ao conhecer Fumiaki e descobrir a próxima destruição.
Apesar da desconfiança mútua, eles firmam um pacto para caçar a chave Nostradamus.
Para localizar a Chave Nostradamus, os agentes recebem celulares especialmente desenvolvidos. Quando o usuário localiza um objeto de interesse e tenta destruí‑lo tirando uma foto, se a imagem resultante mostra um mundo pacífico, então o alvo é a Chave Nostradamus; caso contrário, a fotografia revela destruição.
Com os celulares em mãos, Maya e Fumiaki investigam ocorrências ocultas que acontecem na cidade.
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