Um instituto chamado Shinkansen Ultra Evolution Institute (SUEI) investigava uma série de ataques monstruosos que surgiram no Japão depois do aparecimento de um enigmático Black Shinkansen. Para combater esses invasores, o SUEI contava com os Shinkalions, trens bala capazes de se transformar em mechas gigantes. Hayato Hayasugi, grande fã de trens, descobriu que seu pai trabalhava secretamente para a organização e logo passou a pilotar um Shinkalion! Juntamente com outras crianças, ele assumiu a responsabilidade de proteger o país contra os inimigos interplanetários. Quando um novo monstro colossal chegou do espaço em busca de conquistar o planeta, o SUEI lançou o protótipo ALFA‑X para enfrentar a ameaça. Entretanto, Hokuto, pai de Hayato, desapareceu. Em uma reviravolta, a versão de nove anos de Hokuto atravessou o tempo e apareceu no presente, pronto para combater os atacantes alienígenas dirigindo o ALFA‑X.
▼ Leia Mais