Em 2199 d.C., Yamato tentou deixar para trás a Grande Galáxia da Nuvem Magalhônica depois de receber o “Sistema Cósmo Reverso” que os direcionava ao destino Iscandar.
De repente, ele avista um grupo misterioso na borda da mesma nuvem. A tripulação descobre que eles se chamam Gatlantis e que seu líder é Goran Dagaamu do Trovão, comandante da força expedicionária Gutaba. O capitão exige a entrega de Yamato.
Querer chegar rapidamente à Terra faz Yamato fugir da briga. Porém ele é atingido por uma arma devastadora chamada Canhão de Ataque Diretivo, que pode transcender o espaço. Ele consegue recuar, mas acaba perdido em uma dimensão estranhamente colorida e irregular.
A tripulação decide desligar os motores da nave e explorar um planeta misterioso. Kodai, Kiryū, Sawamura, Niimi e Aihara são enviados ao solo para coletar informações. O que viram ao chegarem foi uma nave que não deveria estar lá. Dagaamu segue os rastros da dobra de Yamato e também alcança o espaço de cores bizarras. O planeta onde Yamato pousou era, na verdade, aquilo que Dagaamu procurava desde então.
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