Há cinco anos, bolhas gravitacionais com poderes misteriosos começaram a cair sobre a Terra. Após uma enorme explosão de origem incerta, Tóquio tornou‑se o ponto zero do desastre, sendo cercada por uma gigantesca bolha. Esse fenômeno, chamado de Queda da Bubble, mergulhou a metrópole que já foi a capital do Japão em um mar de distorções gravitacionais; o governo declarou a área proibida e os moradores abandonaram a cidade.
Crianças órfãs pela Queda da Bolha agora se escondem ilegalmente em Tóquio, participando de perigosas batalhas de parkour entre os prédios em ruínas. Hibiki, um talentoso atleta desses jogos com a habilidade de saltar entre as bolhas, afirma que pode ouvir sons vindos da Torre de Tóquio. Determinado a desvendar esses mistérios, ele segue em direção à fonte, mas cai nas águas abaixo.
Uma garota estranha — que ele mais tarde chama de Uta — o salva. Pouco sabe Hibiki que a presença de Uta em sua vida revelará os segredos por trás do desastre que mudou seu mundo para sempre.
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