Em 2100, quando o mundo está interligado por uma rede de computadores, as crianças se tornam mergulhadores da Web, transferindo suas consciências para os dados e adoram brincar juntas no parque cibernético chamado Magical Gate. Contudo, um misterioso vírus começa a destruir o Magical Gate de dentro para fora. No ciberespaço, foram criados programas chamados Web Knights para proteger as crianças; porém, o vírus corrompeu todos eles, fazendo com que se voltassem contra os pequenos. O único Web Knight que escapou da lavagem cerebral é Gladion, e ele procura a ajuda de Kaito Yuki, um mergulhador da Web na quarta série.
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