Beast Wars II narra o confronto entre os Cybertrons (Maximais), liderados por Lio Convoy, e o exército Galvatrons de Destrons (Predacon) no planeta Gaia. Enquanto Lio Convoy e Galvatron disputam a misteriosa fonte energética chamada Angolmois, surgem diversas ocorrências peculiares e propriedades enigmáticas dessa energia.
