Yagi Takeru vive na casa da família Touma desde que seus pais faleceram. Ele foi criado por Touma Rokunosuke, o chefe da casa. Ao seu redor há pessoas como Yamato Takeshi, seu melhor amigo e rival no clube de kendo; as irmãs Shiratori, Kotono e Asuka; e Oosu Seri, seu amigo de infância. A vida era feliz até que um dia um terremoto atingiu a escola, mudando tudo. Takeru acorda e percebe que a escola parece ter sido abandonada há séculos, reduzida a ruínas. Ele também nota que todos os professores e estudantes desapareceram. Junto com Seri e Asuka, ele foge das ruínas apenas para descobrir que a cidade onde viviam está completamente vazia. Em seguida, pessoas envoltas em capas aparecem diante dele e explicam que foram trazidas para outro mundo.
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