Em meio à guerra entre os Naturals (OMNI) e os Coordenadores (ZAFT), a ZAFT envia uma unidade para sequestrar os recém‑desenvolvidos trajes móveis da Aliança Terra na colônia neutra de Heliópolis. Kira Yamato, coordenadora civil, cursa a faculdade técnica em Heliópolis. Quando a ZAFT captura quatro dos cinco trajes, Kira acaba encontrando o último, Strike, e é forçada a pilotá‑lo para salvar a vida de seu amigo e a dele. Nessa confusão, ela reencontra Athrun Zala, seu amigo coordenador da infância, que, ironicamente, se tornou soldado ZAFT e um dos sequestradores em Heliópolis. Com o controle de Strike, Kira embarca na nave Arcanjo da Aliança Terrestre para proteger seus companheiros enquanto se vê compelida a lutar contra seu amigo e seu povo. A série foi remasterizada em HD a partir de 23 de dezembro de 2011, com dois episódios de recapitulação cortados, animação nova e atualizada, conversão para 16:9 e trilha sonora renovada.
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