No Asilo Arkham, Batman entra em confronto com Gorilla Grodd enquanto tenta destruir a mais recente invenção do vilão: o Quake Engine. No meio da confusão, o motor dispara e todo o asilo desaparece de repente, levando Batman junto. Quando a poeira se dissipa, ele percebe que está numa estrada desconhecida. Logo vê que não está mais em Gotham City, mas no Japão Feudal! O choque rapidamente cede quando um samurai surge para acabar com sua vida. Mais tarde, a investigação revela que o responsável pela ordem de morte é ninguém menos que seu arqui-inimigo, o Coringa. Após encontrar Catwoman, ele descobre que os criminosos do asilo se teleportaram lá há dois anos, cada um governando uma região do Japão, com Joker liderando a guerra. Para retornar à sua cidade, Batman precisa reativar o Quake Engine, agora localizado nos restos do asilo, chamado Castelo de Arkham. Contudo, há um problema: além do cinto de gadgets, seu arsenal quase desapareceu. Ninja Batman segue o Cavaleiro das Trevas enquanto atravessa esse novo ambiente estranho, enfrentando inimigos familiares em busca de voltar para Gotham inteiro.
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