Depois de um jogo de futebol, seis crianças continuam em casa jogando um lindo RPG. Um deles marca o gol decisivo; outro é goleiro que quase deixa a bola escapar; os demais se dividem em dois duplos torcendo por seus lados. De repente, ao derrotarem um chefe, algo estranho surge diante deles e eles são sugados para dentro do mundo do jogo.
Tomoru (o artilheiro), Mio e Dai acabam junto com o Professor Galileu, que explica ter criado esse universo chamado Eureka e acabou sendo puxado para ele também. Para voltar ao seu mundo, precisam completar missões que aparecem em áreas específicas. Assim que uma missão surge, Tomoru reúne a turma e faz o professor acompanhá‑los.
Ao chegarem à área C‑1, descobrem não só sua própria missão, mas também um grupo rival! O professor adversário trouxe consigo os rivais do jogo de futebol: Yukio, Suzuka e Kouta. A tarefa deles é científica: primeiro o computador explica como o raio se forma, depois eles têm que descobrir uma maneira de interromper o relâmpago para concluir a missão.
Tomoru e companhia conseguem impedir o trovão, obtendo uma Pedra Eureka e permitindo que voltem ao seu mundo. Contudo, o portal só abre quando acumulam dez pedras no total. Assim, ainda há muito aprendizado científico e missões a serem concluídas antes de poderem ir para casa.
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