As crianças escolhidas se reuniram com seus parceiros Digimon, mas estes não mais reconheciam suas mentoras devido ao reset digital que os afetara. Enquanto todos tentavam se reconectar aos monstros digitais, Sora Takenouchi encontrou resistência em Piyomon, que teimosamente se recusava a falar com ela.
De repente, um ataque de um Digimon hostil separou o grupo, dispersando-os pelo Mundo Digital. De volta ao mundo humano, Daigo Nishijima da Agência Administrativa Incorporada recebeu um aviso sobre uma nova entidade em busca de "Libra", que ele acreditava ser um nome falso para Meicoomon.
Por alguma razão, Meicoomon retinha todas as suas memórias e ainda recordava sua parceira Meiko Mochizuki, que viera sozinha ao Mundo Digital à procura dela. Se eles esperavam identificar quais outras forças haviam conduzido os incidentes até então, as Crianças Escolhidas precisavam sobreviver aos obstáculos do Mundo Digital recriado e voltar para casa.
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