A trama se desenrola na Floresta de Okoya, um refúgio Pokémon regido por normas rígidas que vedam a entrada de estranhos. O filme gira em torno de Coco, garoto criado pelos Pokémon e que também se vê como um deles, considerando o mítico Pokémon Zarude seu pai. Durante uma jornada, Ash e Pikachu cruzam caminhos com Coco. A obra explora o conceito de “humano criado por Pokémon”, diferindo dos filmes anteriores que enfatizavam a conexão entre treinador humano e seu Pokémon.
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