A trama se desenrola em um futuro distante, nas extremidades da galáxia. A Aliança Galáctica Humana luta incessantemente pela sua sobrevivência contra uma raça grotesca de seres chamados Hidiaazu. Em meio a uma batalha intensa, o jovem tenente Ledo e sua arma móvel humanóide Chamber são engolidos por uma distorção do tempo e do espaço. Ao despertar da hibernação artificialmente induzida, Ledo percebe que chegou à Terra, o planeta na fronteira perdida. Este mundo, completamente inundado pelos mares, abriga pessoas que vivem em frotas de navios gigantes, salvando relíquias das profundezas para sobreviver. Ledo desembarca numa dessas frotas, denominada Gargantia. Sem conhecer a história ou cultura do local, ele é forçado a conviver com Amy, uma garota de 15 anos que atua como mensageiro na frota de Gargantia. Para Ledo, cuja vida foi dedicada apenas à luta, esses dias de paz continuam surpreendendo-o.
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