Há três anos desde o fim da série, Ryo trabalha na NASA como engenheiro em um grande projeto de foguete. Anis, companheira Borgman e amante, acabou sendo transformada em hambúrgueres em um restaurante. Quando recebe uma carta oferecendo-lhe emprego profissional num avançado projeto japonês, ela decide arriscar. Ryo, ainda tão indeciso quanto antes, fica para trás, então Anis parte para o Japão sem ele.
Chuck Sweager, o terceiro Borgman, é policial, assim como sua namorada Miki. Ao presenciar uma briga entre vários cyborgs, a jovem avisa Chuck de que não há como isso acontecer, já que os únicos cyborgs vivos são Ryo, Anise e ele mesmo. Mas ela o convence e eles iniciam a investigação.
Anise chega ao seu novo emprego; quando se encontram para jantar, explicam a situação a ela. Anis oferece-se para invadir o Projeto Portão do Céu, que acreditam ser a origem dos novos cyborgs. Enquanto isso, Ryo está a caminho do Japão em busca de sua namorada. Acompanhando-o está Hussan, um dos dois pesquisadores sobreviventes do Projeto Borgman, convidado a prestar depoimento à Polícia de Tóquio para ajudar na investigação. Quando todo o elenco chega ao Japão, as coisas começam a ficar complicadas.
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