Após concluir a Escola Vanguard Koshien, Kouji Ibuki começa a ter novos pesadelos que o deixam inquieto.
Tatsunagi faz com que Suiko convide‑o para a mansão onde descobrem que ele pode ver uma Torre Negra chamada Santuário, um lugar misterioso.
O Santuário está alterando a linha do tempo ao longo da história, e só é possível corrigir essa distorção se Kouji reparar primeiro seu erro futuro.
Agora Kouji e Suiko precisam atravessar um mundo paralelo e observar as Magical Girls Emi Sendou e Shuka convocarem unidades Vanguard para tentar consertar o passado, enquanto lutam contra ameaças.
Infelizmente, eles não conseguem ajudar muito, pois a batalha contra monstros reais não resolve o problema nem corrige as mudanças na linha do tempo.
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