Rintarou Okabe é um cientista excêntrico com sede infinita de exploração científica. Juntamente com seu amigo Mayuri Shiina e seu colega de quarto Itaru Hashida, ele fundou o Laboratório Gadget Futuro na esperança de criar inovações tecnológicas que confundam a psique humana. Apesar das afirmações de grandeza, o único "gadget" notável que o trio criou é um micro-ondas capaz de transformar bananas em gosma verde.
Quando Okabe assiste a uma conferência sobre viagens no tempo, ele experimenta uma série de eventos estranhos que o levam a acreditar que há mais para o dispositivo "Telefone Microondas" do que parece. Aparentemente capaz de enviar mensagens de texto para o passado usando o micro-ondas, Okabe brinca com a "máquina do tempo", atraindo a ira e atenção da misteriosa organização SERN. Devido à descoberta do romance, Okabe e seus amigos estão em perigo.
Enquanto ele trabalha para mitigar os danos que sua invenção causou à linha do tempo, Okabe luta uma batalha não apenas para salvar seus entes queridos, mas também para preservar sua sanidade degradante.
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