Enquanto viajava com Jack Atlas e Crow Hogan, o Dragão Estelar de Yuusei Fudou foi capturado por Paradox, um enigmático Turbo Duelista do futuro, durante um Duelo Turbo, transformando‑se em Monstro do Pecado.
Com a ajuda do Dragão Criminoso (Crimson), Yuusei persegue Paradox quando este entra em um erro temporal e acaba no passado.
Nesse intervalo, Paradox enfrenta Jaden Yuki, que ainda detém os poderes de Yubel e do Rei Supremo. No entanto, naquela época Paradox já havia capturado o Cyber End Dragon e o Rainbow Dragon, subjugando Jaden.
Ele é salvo graças a Yuusei e ao Dragão Vermelho. Jaden revela a Yuusei as reais intenções de Paradox.
Roubando diversos monstros do outro lado temporal e transformando‑os em versões sombrias, Paradox pretende eliminar Maximilhão Pegasus, o criador dos Monstros Duel, impedindo a criação do jogo e fazendo com que os acontecimentos das três séries nunca se concretizem.
Yuusei e Jaden concordam em seguir Paradox, o que os leva de volta ao passado e culmina numa reunião com o Rei dos Jogos, Yuugi Mutou.
Entretanto, quando chegam, descobrem que Paradox já havia atacado seu tempo, presumivelmente matando Pegasus e o avô de Yuugi, além de ter roubado o Blue‑Eyes White Dragon e o Red‑Eyes Black Dragon.
Depois de explicar tudo a Yuugi, este concorda em unir forças com Yuusei e Jaden para enfrentar Paradox no duelo final, três contra um, a fim de libertar os monstros aprisionados e salvar tanto o mundo quanto o próprio tempo antes que seja tarde demais.
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