Quem recebe a Revelação de Babel precisa superar inúmeras batalhas e provações.
Ao segurar a mão do parceiro especial, esses Hand Shakers são transportados para o reino de Zigurat, uma dimensão alternativa em que o tempo deixou de existir.
Cada dupla deve lutar pelo direito de encontrar Deus, que os recompensa concedendo um único desejo.
Tazuna Takatsuki, estudante do ensino médio com afinidade por consertar coisas, é uma dessas Mão Shakers.
Depois de receber um pedido de reparo do Professor Makihara, da universidade próxima, Tazuna encontra Koyori Akutagawa, garota acamada que lhe lembra a irmã falecida Musubu.
Recordando o último desejo dela de nunca soltar a mão, Tazuna segura a mão de Koyori e desperta seu poder como Shaker de Mão.
Contudo, a vida de Koyori está diretamente ligada ao status de Shaker de Mão; se Tazuna algum dia soltá‑la, ela morre.
Vendo Deus como única esperança de salvá‑la, os dois precisam unir seus poderes únicos, vencer os Shakers adversários e realizar seu desejo.
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