Milhares de anos antes dos eventos de Céus de Arcadia, seis civilizações habitavam continentes flutuantes no céu de Arcadia, um mundo sem superfície visível que orbita seis luas de cores distintas. Cada lua era lar de uma das nações, e todas avançaram tecnologicamente a ponto de criar um Gigas – uma colossal arma viva de destruição em massa – além dos Cristais da Lua, capazes de controlá-los. Ao empregar os Gigas, as civilizações entraram em guerra entre si, causando enormes danos ambientais que ameaçaram extinguir as seis nações. A mais avançada, a Civilização de Prata, utilizou seus Gigas para invocar chuvas de destruição, arrancando meteoros das luas orbitais e lançando-os sobre o planeta. Essa catástrofe acabou com a fúria dos Gigas e quase dizimou as outras cinco nações, encerrando assim a guerra. Um selo foi colocado no Gigas Prateado para impedir que as chuvas fossem usadas novamente, e os Cristais da Lua foram escondidos. Nos dias atuais, o tirânico Império Valuan, liderado pela Imperatriz Teodora, busca os Cristais da Lua para despertar os Gigas e dominar o mundo. A vontade de Valua é imposta pela Armada Valuan, uma frota de navios de guerra de ferro comandada pelo almirante Galciano e pelo vice‑almirante Ramirez sob a autoridade da Imperatriz. Eles enfrentam principalmente os Blue Rogues, uma facção de Air Pirates que se esforçam em assediar a Armada ao máximo. Fina, jovem da Civilização de Prata, é enviada para encontrar os cristais lunares antes dos Valuanos e levá-los para um local seguro.
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