Num futuro próximo, o Japão desenvolve uma armadura chamada Infinite Stratos (IS), originalmente pensada para uso espacial. Mais tarde, ela passa a ser empregada como arma militar e, finalmente, é transformada em um novo esporte. A crença era de que apenas mulheres poderiam pilotar o IS; isso mudou quando Orimura Ichika apareceu. Ele é o irmão mais novo do lendário piloto Orimura Chihiyu, que representou o Japão e nunca foi derrotado em sua carreira profissional. Ichika se torna o único homem no planeta capaz de comandar um IS. Foi aceito na Academia IS, onde todos os alunos são mulheres exceto ele, e precisa treinar para se tornar um piloto. Surpreendentemente, seu professor é ninguém menos que sua irmã Chihiyu, e ele fica quase irritado com a atenção que recebe como o único rapaz no campus. Quase todas as garotas ao redor competem entre si por seu afeto, e com todo esse flerte acontecendo, ele mal tem tempo para dominar o uso do IS.
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