Em 3199, mil anos após a catástrofe que marcou a primeira série de anime, a Terra está novamente à beira da ruína. Uma presença enigmática, que se autodenomina Yo Haguro, reúne os descendentes da tripulação original do Yamato, o lendário couraçado que, restaurado, deve proteger todos os seres humanos de um novo inimigo: Darqueen.
