Mei no Naisho acompanha a vida de Mei Haruna, um garoto efeminado que foi criado por sua mãe bruxa como menina e sempre se via como mulher. A única família que ele tinha era essa, então após a morte da mãe, ele se transferiu para uma escola feminina e passou a morar na ala do dormitório junto ao conhecido Abel e à colega de quarto Fuuka Honjou, que também faz parte do comitê de moral pública. Pouco depois de chegar, os novos amigos descobrem, durante um ritual mágico no banheiro comum da residência, que ele é realmente homem, o que causa surpresa em Mei apesar de ele já estar ciente das diferenças físicas entre ele e as meninas típicas. Mesmo assim, após a intervenção do pervertido presidente do conselho estudantil, o diretor decide que ele pode permanecer na escola. No dia seguinte, Mei chega à sala com Fuuka, pede desculpas por ter escondido sua identidade de bruxo e explica que é masculino. Os demais alunos rapidamente o aceitam como um deles e ficam impressionados com seu poder mágico.
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