Vários meses depois da guerra da Repliforce, a Terra vive um período de paz. O conserto das colônias espaciais danificadas estava quase concluído; a única remanescente era a gigantesca Eurásia, situada em um ponto Lagrangiano. Por ser muito antiga, havia sido programada para uma renovação completa. Contudo, num dia qualquer, alguém tomou posse da Eurásia, espalhou um vírus pela colônia e manipulou seus sistemas de gravidade artificial, colocando-a em rota de colisão com a Terra. Em apenas 16 horas, a colônia cairá, provocando destruição maciça e, no pior cenário, extinguindo toda vida no planeta.
Os Maverick Hunters planejam usar o enorme canhão de partículas Enigma para aniquilar a Eurásia antes que isso aconteça. O canhão Enigma está defasado e precisa ser modernizado. Signas, o novo comandante dos caçadores, ordena a Mega Man X e ao seu companheiro Zero que corram contra o tempo para reunir as quatro peças essenciais à atualização do Enigma e impedir a queda da Eurásia antes que seja tarde demais.
Para piorar ainda mais, Sigma espalhou seu vírus por todo o mundo, e as peças necessárias estão sendo protegidas pelos Mavericks.
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