Depois da batalha final contra Hades no Submundo, Pegasus Seiya se encontra à beira da morte, quando o peito é perfurado pela espada amaldiçoada do Deus do Submundo. A maldição vai drenando sua força vital, deixando-o com apenas três dias de vida.
Determinada a salvar seu santo a qualquer preço, a Deusa Atena (Saori Kido) e Andrômeda Shun buscam a ajuda do Deus do Tempo, Chronos. O plano de Saori é viajar 243 anos para trás, até a era da Guerra Santa anterior, para destruir a espada de Hades antes que ela possa ferir Seiya.
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