Katsuhira Agata é um adolescente calmo e reservado, cujo senso de dor quase sumiu. Seu amigo Chidori Takashiro só consegue lembrar vagamente dos dias anteriores à profunda mudança que aconteceu em Katsuhira. Agora, com seu comportamento apagado e complacente, ele se torna alvo constante de valentões que exploram o garoto por grandes somas de dinheiro. Mas seus punhos apenas conseguem fazê-lo piscar; até as emoções parecem estar fora do alcance dele. Um dia, porém, Katsuhira, Chidori e mais quatro adolescentes são sequestrados e obrigados a integrar o Sistema Kizuna como oficiais “Kiznaivers”. Os participantes ficam conectados pela dor: se um deles for ferido, os demais sentirão exatamente a mesma agonia. Esses jovens acabam sendo ratos de laboratório e bodes expiatórios de um sistema ainda incompleto, projetado com a paz mundial em mente. Com seus destinos literalmente entrelaçados, os Kiznaivers precisam se abrir uns aos outros ou arriscar falhar muito mais do que apenas o Sistema Kizuna.
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