Três anos se passaram desde que Shinji Ikari evitou o Terceiro Impacto durante a Batalha no Quartel-Geral Nerv. A Terra agora está em paz novamente.
O NERV foi reorganizado sob o comando de Misato Katsuragi, e Shinji lidera a equipe EVA com a ajuda de seus amigos Asuka Langley Soryu e Rei Ayanami. Avanços na tecnologia levaram à organização a atualizar seus Evangelions.
Três unidades Series-0.0 foram colocadas em órbita baixa da Terra para vigiar o planeta. Enquanto isso, o NERV está prestes a atualizar a Unidade Shinji-01 Tipo-F.
No entanto, uma das unidades-0.0s perde o controle e cai perto de Tóquio-3. Logo depois, o Nerv é atacado por um misterioso Angel Carrier, um Evangelion de Produção em Massa, estranhamente modificado.
Agora cabe a Shinji, Asuka e Rei parar este ataque e identificar seu novo inimigo misterioso.
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