O cenário de Fate/Apocrypha se passa em um mundo paralelo ao de Fate/stay night, onde o Grande Graal foi retirado de Fuyuki após a Terceira Guerra do Santo Graal e desapareceu por muitos anos. Por volta dos anos 2000, coincidentemente com a época que teria ocorrido a Quinta Guerra do Santo Graal, o grupo que saqueou o Graal, Yggdmillennia, declara abertamente sua secessão da Associação de Mágos e afirma estar em posse do Graal. A Associação envia cinquenta magos para recuperá-lo, mas todos, exceto um, são imediatamente massacreados pelo Lancer Negro. O sobrevivente consegue ativar o sistema de reserva do Grande Grail, permitindo a convocação de 14 Servos no total. Isso marca o início da Grande Guerra do Santo Graal em Trifas, com duas facções distintas: a Facção Negra, composta por membros de Yggdmillennia, e a Facção Vermelha, formada pelos enviados pela Associação de Mágos, exceto um membro da Igreja. O próprio Graal também convoca o Governante para atuar como mediador da Guerra do Santo Graal.
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