Este mangá foi desenhado por Auto Taguchi e publicado pela Kodansha. Segundo o Baka‑Updates, ele é serializado na revista Z. O título coincide com outro mangá Gundam 00 criado por Kouzoh Ohmari e publicado pela Kadokawa. As duas versões seguem essencialmente a trama do anime, mas diferem no estilo artístico e na ordem dos acontecimentos. A primeira edição saiu em 17 de janeiro de 2008 e, até agora, a série possui quatro volumes: Vol. 2 (2008/05/23), Vol. 3 (2008/08/22) e Vol. 4 (2008/10/23).
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