A narrativa se inicia num futuro distante, nas bordas da galáxia. A Aliança Galáctica Humana enfrenta incessantemente a ameaça grotesca dos Hidiaazu em busca de sua própria sobrevivência. Em meio a uma feroz batalha, o tenente Ledo e sua arma humanóide móvel, Chamber, são engolidos por uma distorção que mistura tempo e espaço. Ao despertar da hibernação artificial que lhe foi imposta, Ledo percebe que chegou à Terra, o planeta perdido na fronteira distante.
O mundo que encontra está completamente submerso; a população habita frotas de enormes navios, extraindo relíquias das profundezas marinhas para sustentar suas vidas. Ledo desembarca em uma dessas frotas, chamada Gargantia. Desconhecendo a história e cultura do planeta, ele se vê obrigado a conviver com Amy, uma jovem de 15 anos que atua como mensageira na frota.
Para Ledo, cuja existência tem sido marcada apenas pela luta, os dias de tranquilidade continuam surpreendendo-o.
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