Este mangá se passa em uma escola onde os estudantes são inspirados nos xoguns lendários da história japonesa. Sengoku Gakuen costumava ser como qualquer outra instituição, mas Oda Nobunaga, então presidente estudantil, derrubou os professores e praticamente os deixou impotentes. Ele transformou a escola num espaço criado pelos alunos, para os alunos e pelos alunos. Quando Nobunaga se formou, ele entregou o comando ao jovem Hideyoshi como novo presidente estudantil. Contudo, Hideyoshi logo abandonou a escola para ajudar Nobunaga a governar o Japão da mesma forma que liderava Sengoku Gakuen. A trama inicia quando Ishida Mitsunari, um garoto tenso e conservador porém dedicado, entra em conflito com Tokugawa Ieyasu, o presidente interino da escola que conta com muitos seguidores, ambos disputando a presidência do corpo estudantil. Também aparecem outras figuras históricas como Ootani Yoshitsugu, leal a Mitsunari, e Oichi, irmã mais nova de Nobunaga. Quem vencerá a disputa pelo cargo e assumirá o comando da escola?
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