Em 1999, um meteorito caiu na Antártida. O impacto derreteu a massa de gelo continental e aumentou drasticamente o nível do mar, prejudicando o clima do mundo e causando a morte de mais da metade de sua população.
Agora, em 2015, criaturas devastadoras de origem desconhecida, conhecidas como Anjos, devastam o que resta do planeta. Na cidade fortemente fortificada de Tóquio-3, Shinji Ikari, com apenas 14 anos, está destinado a parar o ataque dos Anjos.
Recrutado pela organização secreta de seu pai, Nerv, Shinji é recrutado como piloto de um Evangelion, um enorme andróide bio-orgânico criado apenas para derrotar os Anjos. Com o peso do mundo sobre seus ombros, Shinji deve encontrar a coragem e pilotar para defender o futuro - e a si mesmo.
Mas, à medida que as escaramuças entre os Evangelions e os Anjos se tornam recorrentes, a horrível verdade do mundo é lentamente revelada.
