Shinji Ikari anseia por emoção para transformar seu dia-a-dia chato como estudante na Academia da Fundação Nerv. Seu desejo é concedido quando ele testemunha uma batalha explosiva entre dois adolescentes e um homem mais velho com grandes asas se estendendo de suas costas.
Shinji reconhece esses dois adolescentes como seus colegas de classe: sua paixão Rei Ayanami e o novo estudante transferido Kaworu Nagisa. Durante a batalha, Shinji involuntariamente libera um poder que parece derrotar o homem alado; em casos futuros, seu poder assume a forma de um EVA tipo arma, uma manifestação de sua vontade de sobreviver.
Ele aprende que os seres que seus colegas combatem são conhecidos como Anjos, formas transitórias de consciência que tomam posse de corpos humanos porque eles não possuem formas físicas próprias. Cooperando com seus dois colegas de classe, e mais tarde acompanhado pelo estudante estrangeiro Asuka Langley Souryuu, Shinji concorda em lutar contra os Anjos que assolam sua cidade.
