Já passaram dezessete longos anos desde que a Frota da Névoa - uma frota misteriosa e não tripulada de embarcações poderosas que apareceu do nada - assumiu o controle dos oceanos, impedindo a humanidade de viajar entre continentes ou ilhas. Durante esses anos, as pessoas de todo o mundo sonharam com uma revolta que lhes permitisse retomar os mares, mas não havia esperança até agora.
Uma arma poderosa o suficiente para danificar as naves do Nevoeiro foi finalmente inventada. E há apenas uma maneira de obter as informações críticas e protótipos do Japão para a América, onde a arma pode ser produzida! O submarino I-401, com seu avatar humanóide - um "modelo mental" chamado Iona, que tomou a forma de uma jovem - já fez parte da Frota da Névoa. Mas escolheu ficar do lado da humanidade.
Agora capitaneado por Chihaya Gunzo e sua tripulação, o I-401 é o único navio sob controle humano que pode se mover livremente pelos mares. Ele responde apenas ao capitão, e ele não responde a ninguém.
