No futuro próximo, uma súbita e inexplicável elevação do nível do mar submergia grande parte da civilização humana. Ikaruga Natsuki, garoto que perdeu a mãe e a perna em um acidente anos antes, volta desiludido de uma vida dura na metrópole para encontrar sua antiga casa de campo quase engolida pelo oceano.
Sem família, tudo o que ele possui são o navio e submarino deixados pela avó oceanologista, além das dívidas que acumula. Sua única esperança de reviver os sonhos perdidos surge quando a suspeita cobradora Catherine lhe oferece uma oportunidade: juntos, eles partem para explorar as ruínas afundadas do laboratório da avó em busca de um tesouro que ela teria deixado lá.
O que encontram não são riquezas nem joias, mas sim uma garota estranha dormindo num caixão no fundo do mar – Atri. Atri é um robô, porém sua aparência e a profundidade de suas emoções fazem qualquer um acreditar que seja humana viva e respirando. Grata por ter sido salva, ela faz uma declaração a Natsuki: “Quero cumprir a última ordem do meu mestre. Até lá, serei sua perna!”
Em uma pequena cidade lentamente sendo engolida pelo oceano, um verão inesquecível está prestes a começar para esse menino e essa misteriosa garota robô.
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