A trama de Clear se passa na ilha Harukajima. O protagonista, Kōichi Yukino, viveu lá, mas mudou‑se para Tóquio quando era criança. Ele volta a partir de Tóquio para essa pequena e comum ilha à beira da costa do Japão continental, onde mora com o avô. Ao retornar, percebe que parte das lembranças de sua infância na ilha está ausente. Kōichi não é um humano comum; ele é um tipo de vampiro que suga sangue, embora não consiga atacar pessoas.
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