Quando uma luz misteriosa surge do nada e engole a Terra, a humanidade é petrificada, congelada em pedra. Milhares de anos depois, o mundo está repleto de vegetação, as florestas tomaram o lugar das cidades que antes se erguiam orgulhosamente.
Um dos primeiros a sair da prisão de pedra é Taiju Ooki, que descobre que seu amigo, um jovem cientista brilhante chamado Senkuu, tem se preparado para seu despertar. Enquanto Taiju deseja salvar a garota que ama, Senkuu está determinado a descobrir a causa por trás desse fenômeno estranho e restaurar o mundo à sua antiga glória.
Mas quando libertam o infamemente poderoso Tsukasa Shishiou para ganhar vantagem contra os perigos em um mundo desconhecido, percebem que seu novo companheiro tem outros planos. Tsukasa vê a situação deles como uma chance de recomeçar; Livre da corrupção e destruição causadas pela tecnologia, ele não parará por nada para alcançar seus objetivos.
Com ambos os lados incapazes de concordar, Senkuu e sua devoção à ciência vão entrar em conflito com Tsukasa e sua natureza primitiva em uma batalha verdadeiramente entre as eras.
