Shinichi Kudou é um jovem detetive da polícia japonesa que resolve casos difíceis com sua habilidade de observação aguçada, pensamento crítico e conhecimento geral. Enquanto passeava com a amiga Ran Mouri, ele testemunhou uma transação suspeita entre dois homens e foi pego por eles. Como resultado, Shinichi foi forçado a ingerir um veneno que deveria matá-lo, mas que inesperadamente encolheu seu corpo ao tamanho de uma criança do ensino fundamental.
Agora considerado morto, Shinichi adotou o pseudônimo de Conan Edogawa para esconder sua identidade e começou sua nova vida como uma criança de sete anos. Ele se muda para viver com Ran e seu pai, um detetive particular, que não tem ideia da verdadeira identidade do menino.
Conan continua a resolver casos de assassinato, trabalhando lentamente para expor os homens que o encolheram e, eventualmente, restaurar seu corpo.
