Recebendo financiamento do governo para apoiar os jovens talentosos da próxima geração, a Tokyo Metropolitan Advanced Nurturing High School reúne os estudantes mais brilhantes do Japão em um único campus. Essa instituição aparentemente perfeita é o cenário onde o reservado Kiyotaka Ayanokouji chega como novo membro da turma 1-D, onde faz amizade com um de seus colegas, o antissocial Suzune Horikita.
No início, seus colegas se deleitam com o estilo de vida tranquilo da academia, aproveitando todas as instalações de última geração. Logo, porém, a fachada da Tokyo Metropolitan Advanced Nurturing High School dá lugar à sua verdadeira natureza — apenas as turmas com melhores notas podem aproveitar plenamente as ofertas da escola, e a Classe D é a mais distante desse status. Na base da hierarquia, a Classe D abriga todos os alunos considerados "piores" da escola.
Após esse brusco despertar, Ayanokouji, Horikita e o restante da Classe D precisam superar suas diferenças e entrar em conflito com outras classes para subir à cobiçada posição de Classe A a qualquer custo.
