Kobato Jougorou é um garoto que quer superar o hábito de usar raciocínio dedutivo em excesso e analisar tudo demais, enquanto Osanai Yuki é uma menina evitada pelos outros por causa de suas tendências estranhas. Ambos desejam apenas ter uma vida simples e pacífica no ensino médio. A história acompanha esses dois personagens enquanto se esforçam para viver como cidadãos discretos.