Durante o período Edo, o Japão é atacado de repente por criaturas alienígenas chamadas Amanto. Apesar dos esforços dos samurais para combater a ameaça estranha, o Shogun logo percebe que não há jeito e decide se render. Isso marca o início de um acordo desconfortável entre o Xogunato e os Amanto, que resulta na proibição de espadas em todo o país e no desaparecimento do espírito samurai.
No entanto, existe um indivíduo excêntrico que segura uma espada de madeira e se recusa a deixar seu status de samurai morrer. Agora que sua espécie não é mais necessária, Gintoki Sakata faz vários trabalhos estranhos na cidade para pagar as contas. Junto com seu auto-proclamado discípulo Shinpachi Shimura e o temível alienígena Kagura, além de um cão gigante chamado Sadaharu, eles dirigem o negócio conhecido como Yorozuya.
Muitas vezes, eles se metem em confusões e situações hilárias. Alguns exemplos incluem: Volume 1: Dandelion Volume 2: Shirokuro (Preto e Branco) Volume 24: 13 Volume 38: Bankara-san ga Tooru
