A4, espião do Ministério da Defesa, dedica-se a proteger o Japão contra agentes estrangeiros que operam nas sombras e recebeu o apelido de Fantasma graças à sua habilidade. Ele conhece Mamiru Kai, uma colegial comum mas com habilidades extraordinárias, que desenvolve sentimento por ele; entre os dois surgem inúmeros mal-entendidos.
