A trama acompanha a amnésica Ryouko Otonashi, estudante da Hope's Peak Academy, e o neurologista Yasuke Matsuda, por quem ela nutre sentimentos. Um mês após a tragédia na academia, a escola transborda tensão e mistério, enquanto muitos tentam desvendar os fatos e apontar culpados. Apesar de querer se afastar disso tudo, Ryouko acaba ligada ao ocorrido e rapidamente mergulha nas consequências, descobrindo cada vez mais sobre o que realmente aconteceu.
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