A história gira em torno de mutações humanas chamadas diclonii, que nascem com chifres na cabeça e possuem braços telecinéticos invisíveis denominados vetores. O poder desses braços varia; eles conseguem parar balas normais e desviar outras, mas o número e alcance total diferem entre os diclonii.
A tendência à violência entre os diclonii é alta, sobretudo quando envelhecem. Na infância, sua agressividade surge de uma espécie de diversão, em contraste com o ódio absoluto que os humanos desenvolvem nos últimos anos.
Os diclonii são raros, pois apenas membros da espécie conseguem reproduzir-se naturalmente. Em contrapartida, as Silpelits aparecem com mais frequência; elas descendem de dois humanos, sendo o macho infectado pela mutação. Curiosamente, somente os machos podem transmitir os genes, e tanto os diclonii quanto as Silpelits acabam por ser fêmeas.
Alguns cientistas observaram um número crescente de bebês com chifres nascendo, acompanhados de crianças que matam seus próprios pais e outros. Eles tentaram conter a propagação e descobrir a causa confinando-os em uma instalação onde são submetidos a experimentos desumanos para testar suas habilidades ou aguardam execução por serem considerados perigosos.
O principal personagem não mutante da trama é Kouta, que se envolve cada vez mais com um diclonius em particular: Lucy, a única diclonius pura. Ela busca uma maneira de infectar ou exterminar toda a humanidade e já perdeu a empatia pelos humanos, exceto por Kouta.
O diretor Kakuzawa, descendente de diclonii embora sem vetores, planeja acasalar com Lucy para criar uma verdadeira raça diclonius. Se ele conseguir localizar e unir-se a ela, a humanidade pode desaparecer.
As vidas de Kouta e Lucy estão entrelaçadas desde a infância, mas não necessariamente em bom sentido. Quando o vírus se espalhar por todo o Japão, qual será o destino da humanidade e quem detém todas as respostas?
Nota: a contagem de capítulos inclui 6 extras.
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