Shin, um jovem que vive com seu irmão Shun em Agartha, tem sua rotina alterada quando Shun parte rumo à superfície carregando uma Cristal. Determinado a recuperar o objeto, Shin segue seu irmão e promete trazê‑lo de volta para Agartha. No caminho, ele conhece Asuna, uma jovem que vive sem pai, e Morisaki, um homem que perdeu a esposa.
