Na colônia espacial neutra de Heliópolis fica Morgenroete, uma instalação ultra‑secreta que desenvolve armas avançadas, incluindo o navio arcanjo e cinco protótipos de Gundam para a Força da Aliança Terrestre. O exército rebelde ZAFT, formado por humanos geneticamente modificados chamados coordenadores, invade Heliópolis e leva quatro dos cinco protótipos.
Kira Yamato, civil e coordenadora criada por pais naturais, acaba se envolvendo na batalha quando o ataque acontece. Ele assume a pilota do traje móvel da Aliança Terrestre para proteger seus amigos naturais, mas logo entra em combate mortal contra seu melhor amigo de infância, Athrun Zala, agora piloto ace do ZAFT.
A amizade deles é apenas um dos fatores que podem decidir o destino de toda uma raça.
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