Baseado no Fantasma de Shirow Masamune no Shell 1.5, Processador de Erros Humanos, a história acompanha as rotinas cotidianas dos integrantes da Seção 9 no Japão depois do sumiço do Major. Entre eles estão Togusa, Batou, Azuma e Ishikawa, além de Tsunagi, recém‑recrutado da Divisão Psíquica.
