Medusa narra a trajetória dos irmãos Tatsuo e Yoko, iniciando no auge da turbulenta Guerra do Vietnã. Tatsuo é estudante universitário em Tóquio e filho adotivo de um político liberal. Já Yoko se apresenta como uma revolucionária que pretende transformar o Japão por meio de protestos; ele busca a mudança pela ascensão política. Embora compartilhem visões semelhantes e amor mútuo, as distintas estratégias acabam gerando um conflito que os separa.
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