A Gunjo Academy foi criada, por ordem do governo, para reunir e isolar estudantes que obtiveram notas altas no Exame de Adaptação — uma pontuação elevada indica menor probabilidade de se adaptar à sociedade.
Depois de um verão mal sucedido com outros membros do clube de transmissão da escola, Kurosu Taichi e alguns colegas retornam à cidade, apenas para descobrir que todas as formas de vida dentro dela, exceto os próprios integrantes do clube, haviam desaparecido.
Para confirmar o estado do mundo exterior, Taichi reúne os demais membros do clube e pede ajuda a Miyasumi Misato, presidente da rádio, que tenta montar uma antena de transmissão em busca de possíveis sobreviventes.
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