A narrativa acompanha a linha de produtos Digimon lançada em 2004. Inicialmente havia rumores de que seria um mangá completo para substituir o V‑Tamer 01, mas acabou se tornando principalmente texto em prosa impresso nos folhetos que acompanhavam os animais digitais “Pendulum X”. Esses folhetos também continham mangás curtos de seis páginas e eram divididos em quatro capítulos: o primeiro foi vendido junto ao Pendulum X 1.0, o segundo com o Pendulum X 1.5, o terceiro com o Pendulum X 2.0 e o último com o Pendulum X 3.0.
A trama se passa num Mundo Digital controlado por um computador cientista chamado Yggdrasil. Como os Digimon haviam se multiplicado em grande número no passado, Yggdrasil não conseguiu lidar com a carga e ocorreu um perigo digital. Em resposta, ele criou o “Novo Mundo Digital”, composto por três camadas – Urd (passado), Versandi (presente) e Skuld (futuro) – e lançou o Projeto Arca junto ao Programa X para eliminar qualquer Digimon que Yggdrasil considerasse indesejado. Entretanto os Digimon conseguiram se adaptar, adquirindo um programa chamado X‑Antibody que os fortaleceu, alterou suas formas e os tornou imunes ao Programa X.
Para manter a ordem no Mundo Digital, Yggdrasil enviou os Cavaleiros Reais, treze Digimon dedicados à tarefa. Nesse contexto, três humanos – Kouta, Yuuji e Shinji – de alguma forma chegaram ao Mundo Digital e encontraram seus parceiros Digimon: Dorumon para Kouta e Ryuudamon para Yuuji. Enquanto Kouta e Yuuji resistem a Yggdrasil e aos Cavaleiros Reais, Shinji parece ter se aliado ao computador.
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