Em 2187 o planeta Terra, atingido pelo aquecimento global, começa a levar a civilização humana à destruição. Como não conseguem viver na superfície, os humanos criam cidades abrigadas em cúpulas; com o passar do tempo guerras e instabilidade geológica separam as cúpulas, que perdem contato entre si.
Shuu é um adolescente de Datania, uma cúpula escolar controlada por Zero, um programa de dados. Ele conta com a ajuda de seu assistente humano Nines e, depois, de Berk. As crianças que vivem lá são forçadas a trabalhar como programadas usando o sistema de reset, resultando em jovens sem emoções, necessidades ou instinto humano — quase robôs.
A história começa quando Shuu, que sonha em ver o oceano, escapa com seus amigos de Datania junto aos rebeldes Ein, May e Dolly dos Retornos, que vivem no subsolo. Ele parte com os Retornos para Amaroute, outra cúpula que acreditam ser o melhor lugar para viver. Ao longo da viagem, Shuu explora um mundo desconhecido e se une à luta contra Zero e seus homens, que buscam DT, uma substância especial presente nos humanos que ele e seus companheiros possuem.
Ao chegar em Amaroute, os Retornos percebem que a cidade é idêntica a Datania e também está sob controle de Zero. Desta vez, porém, eles contam com a ajuda de outro clone de Shuu.
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